تأسس مصرف الواحة استناداً لقرار مجلس إدارة مصرف ليبيا المركزي رقم 46 لسنة 2005 م وذلك في شكل شركة مساهمة ليبية وتكون أسهمها مملوكة بالكامل لكلا من مصرف الساحل والصحراء بنسبة 80% والصندوق الليبي للتنمية والاستثمار بنسبة 20% ويبلغ راس مال المصرف 150,000,000 د.ل مئة وخمسون مليون دينار ليبي .